پس از اجرایی شدن قانون عملیات بانکداری بدون ربا در ایران و ظهور اشکالات آن، سوالات فراوانی دربارۀ چالشهای بانکداری بدون ربا صورت گرفته است؛ مسئلۀ اصلی این است که چرا بانکداری بدون ربا در ایران به طور کامل محقق نشده است و چه عوامل شرعی و اقتصادی در این عدم تحقق نقش داشتهاند؟ آیا قوانین بانکداری بدون در ایران با اصول شریعت همخوانی کامل دارد؟ آیا ساختار اقتصادی ایران یا خود بانکها مانع اجرای کامل بانکداری بدون ربا در ایران شده است؟ یا ضعف در نظارت و اجرای قوانین بانکداری بدون ربا باعث عدم تحقق آن شده است؟ این تحقیق با روش تحلیل محتوای اسناد و قوانین، تحلیل استفتائات مراجع تقلید و مصاحبههای صورت گرفته با فقهاء، اقتصاددانان و کارشناسان بانکی، ضمن دسته بندی این اشکالات در دو نوع روبنایی شامل (حوزۀ قوانین، آییننامههای اجرایی و مجریان و ذینفعان نظام بانکی) و زیربنایی مربوط به ساختار بانکها، نتیجه گرفته است که اصلیترین مشکل نظام بانکی کشور مربوط به ساختار خود بانکهاست و این مشکل ساختاری دو ریشۀ اساسی دارد. اول) حذف بهره به عنوان رکن محوری نظام بانکی متعارف و عدم جایگزین شرعی مناسب برای آن در نظام بانکداری بدون ربا؛ دوم) عدم قابلیت اجرای عقود اسلامی تعیین شده در نظام بانکی؛ بنابراین راهکار این است که بستر دیگری برای روابط پولی فراهم گردد.
)